В соответствии с Уставом, Высшим органом управления ОС «Всеукраинское объединение «Защищенная Медицина» является Общее собрание членов.
Президиум является исполнительным органом Союза.
Возглавляет Президиум Президент, который и осуществляет текущее руководство исполнительным органом Союза. В состав Президиума также входят Первый Вице-президент и Вице-президенты по направлениям деятельности (по организационным, финансовым, юридическим и др. вопросам).
При Союзе также создается Наблюдательный совет, а также Комитеты.
На постоянной основе создаются и осуществляют деятельность такие Комитеты: